故事发生在明朝万历年间，德高望重受人敬仰的楚留香(张智尧 饰)（朱孝天 饰）来到云来客栈，寻找天下第一美女鱼尺素，同在客栈的还有身为各门派帮主的左又铮、西门千，以及龟兹王爷扎木合等人。灾难忽然降临，客栈的一干人等均因为中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宫的宫南燕指认楚留香是幕后黑手。为了洗清身上的不白之冤，为鱼尺素报仇，楚留香开始调查事件的真相。在此过程中，楚留香结识了同样想替父亲札木合报仇的苏蓉蓉（胡静 饰），在联手寻找线索的过程之中，苏蓉蓉渐渐倾心于风流倜傥的楚留香，然而楚留香心中爱慕的却是琳娘（秋瓷炫 饰），殊不知琳娘在她侠骨柔情的背后隐藏了一个惊人的秘密。

鱼尺素一向以骗取男人钱财为业，楚留香(张智尧 饰)假扮伙计阿呆混入云来客栈盗取她的芳心，四大高手为一神秘女子也相聚在云来客栈。鱼尺素一直不能确定哪个是楚留香，却发现自己对阿呆产生感情。宋甜儿扮成楚留香来打探虚实，被擒。幸得少林无花大师相救。阿呆的真爱，令鱼尺素深深感动，她决定退出江湖。就在楚留香和甜儿返回客栈时，发现众人死于“天一神水”之下。楚留香带着宋甜儿开始调查云来客栈迷案，在埋葬客栈死者时，发现了一角残缺的美人画像。扎木合之女苏蓉蓉也赶往朱砂帮寻找线索，邂逅了楚留香假扮的富商张啸林，二人很快取得了朱砂帮的信任，却遭到杀手中原一点红的追杀。