隋朝末年，炀帝无道，贪官横行，整个社会陷入一片水深火热之中。曾在征战中立下赫赫战功的石头将军（金超群 饰）目睹民众太多的惨痛后，毅然自行剃度出家，收孤女阿得和阿舍为徒，浪迹天涯，替天行道。大将军江成峰（王瑞林 饰）一直欲与政敌威远侯石涛（王刚 饰）一比高低，对儿子江小楼（杨仲恩 饰）镇压饥民义军的战功沾沾自喜；石涛则明里要挟武功高强的义子、石头和尚的亲生子石惊天（邵峰 饰）作为自己的保护伞，暗里却怂恿义军领袖赵根东山再起以破坏对头江家的政绩。石头和尚在这场正义与私欲混杂的厮杀中竭尽全力，力图感化迷失的心灵，避免无谓的牺牲。在他的努力下，江小楼和赵根放弃了拼杀，江成峰和石涛则各自付出了生命的代价。石头和尚的弟子阿舍与石惊天在解救赵根时一见钟情，二人的交往使石头和尚与白玉观音（刘雪华 饰）多年的恩怨重又勾起。他们曾是恩爱夫妻，此时白玉观音为练武功迷失心性，四处捕捉童子，危害百姓。石头见白玉执迷不悔，于是说服弟子阿得（徐静蕾 饰）封住自己的命脉，与白玉力拼。两败俱伤的决斗之后，白玉顿悟，于是与报仇心切的弟子郭放同归于尽，以绝恩怨。临汾富商张万里（傅雷 饰）表面上行善无数，暗地里却豢养杀手屠命劫财。其妻二娘本是江湖飞贼、阿舍之师，在不明真相的情况下嫁入张家。而张万里豢养的杀手落日等人，都是年幼时父母被张所杀，教养成人的。石头和尚听说许多大户人家相继被杀、财物被劫，决意打抱不平。阿得却受了落日（温兆伦 饰）的救命之恩，两人心生情愫。落日决定改过从善，却被心狠手辣的师父张万里斩杀。孙二娘（王璐瑶 饰）大义灭亲，跟丈夫共赴黄泉。白玉与郭放同归于尽，对白玉愚忠的总管青云痛彻心扉，决意对石头和尚加以报复。他派人假冒石头，做出许多伤天害理的事。对石头敬若神明的徒弟阿舍和阿得中了青云的离间计，开始暗中给师父服药，使他的功力丧失殆尽。就在青云将取石头性命的时候，一直无法原谅父亲害死母亲的石惊天突然顿悟心中的偏见与狭隘，与阿舍联手击退青云，从此父子团圆。

石慕云军功赫赫，自然在战场上杀人无数，自感罪孽深重，希望剃度出家，不料住持不愿意收他为弟子，石慕云只好自行剃度，改称石头和尚。隋末朝廷黑暗，贪官污吏数不胜数。一日，一名黑衣女子刺杀坐轿而行的一个贪官，被其手下刺伤，石头和尚出手救了她，并表示如此怎杀得尽贪官。黑衣女子却道，她无父无母，无牵无挂，对这些贪官能杀一个是一个。石头和尚被感动。后精通医术的石头和尚又救了一个身怀绝症的女子。两名女子坚持要拜石头和尚为师，石头和尚无奈只得答应了，但他要求两人放弃俗家名字，改名为阿舍、阿得，然后教阿舍武功，教阿得医术。恶战终于开始，江小楼与赵根一一对决，约好决不牵联手下。在两败俱伤以前，江小楼与赵根的仇恨终于化解，赵根决定隐居，不问世事；江小楼决定投奔李世民，真正乾一番大事业……