乔少山(侯煜 饰)返回景鑫仓库，由于不知道 林剑松(郭晓冬 饰)是否上船，担心行动失败，于是通知上级做好备用计划。林剑松和 罗祯祥(杨镒 饰)分头行动，一个想办法利用发报机通知外界，一个要去工具仓寻找切割工具，结果罗祯祥遭遇巡逻的特务，命在旦夕。

林剑松及时出现，从特务的枪口下救出罗祯祥，两人拿着切割器下到水密舱，绕道向冷藏室摸去。手下失踪，东野隆(贾宏 饰)意识到正是林剑松所为，于是离开带人搜查，找到通往水密舱的入口，罗祯祥将阻隔钢板切割开来，顺利进入夹层，可是东野发现了林剑松，将其打伤后靠在钢管上，逼问罗祯祥的下落。

罗祯祥继续切割，终于进入冷藏室，开始安放炸弹，等待暴动信号的船员们听着汽笛声，时间一到，程久三(任山 饰)拉响第一声汽笛，可是被东野隆阻止，林剑松挣脱手铐，杀死看守他的特务，冲向驾驶室要程久三拉响汽笛，东野隆得知冷藏室的泄露，发现罗祯祥就在里面，立刻杀了进去，林剑松及时赶到。

船员们同时向特务们发起偷袭，在船长的带领下冲上甲板，放下绳梯，登上了前来接应的拖船。林剑松将东野打成重伤，罗刚好设定完炸弹，两人正准备离开时，奄奄一息的东野突然挣扎起来，打碎装有生化武器的器皿，罗祯祥将林推出货仓，将大门从里面锁死，林剑松和罗祯祥隔着货仓门的玻璃相望，泄漏的生化武器威力发作，罗祯祥的皮肤出现变化，罗祯祥却微笑着看着林剑松，要他赶快离开。

一声巨大的爆炸声，云济号缓缓沉没，逃出生天的林剑松和程久三等人乘坐车拖船，驶向冉冉升起的朝阳。(大结局)