许仙悠悠醒来，身边只见青蛇，原来白蛇把许仙交予青蛇照顾后，便随黑蛇离去。青蛇虽欲掩饰，但许仙已对白蛇和青蛇身份起了疑心，青蛇无可奈何，把真相讲给许仙知道，许仙惊悉妻子是白蛇所变，大吃一惊。
　　许仙怅然回家，君宝来访，指出妻儿名利到头空，着许仙跟他回金山寺修行，许仙心烦意乱。刘氏欲用黑蛇所授妖法谋害君宝，不意竟害人害己，死于非命。
　　许仙虽知妻子是蛇精，但到底难忘她的恩义，重返青蛇修炼之处，哀求青蛇带他去见白蛇，青蛇难过，又不忍把白蛇受制于黑蛇一事告之，唯有劝许仙忘了白蛇，许仙不知就里，以为青蛇从中作梗，破口大骂，小妖看不过眼，和盘托出，许仙始知误会了青蛇。
　　许仙知白蛇为救他性命，甘心受制于黑蛇，誓要救白蛇出险，青蛇初以许仙不自量力，但最后被他感动，决冒死一试。
　　许仙知青蛇不是黑蛇敌手，打算借助君宝之力，他讹词要随君宝修收妖之法，君宝慷慨把除妖宝鉴和雷火珠相赠。
　　黑蛇打算替白蛇打掉腹中胎儿，白蛇灵珠在黑蛇手上，无力反抗，内心痛苦，危急间青蛇带许仙赶至，许仙凭着雷火珠和君宝所授法宝，大败黑蛇，黑蛇狼狈败走。许仙到金山寺，把雷火珠和除妖宝鉴交回君宝，自称没有慧根，决放弃出家之念。
　　许仙为怕君宝会对白蛇青蛇不利，决带同各人离开杭州，远离是非。就在许仙等人预备离开之际，君宝突然出现。原来君宝早洞悉许仙意图，他痛斥白蛇青蛇罪行，要把她们诛灭，白蛇有身孕，青蛇有伤，两人根本不是君宝敌手。