由利麟太郎是一个曾做过搜查一课长的名侦探。他头脑清晰，非常优秀，被称为“警视厅的那个人”，却因某案件辞职。现在，他移居学生时代住过的京都，以经营古董店的波田聪美的房子为据点。立志成为推理小说作家的三津木俊尊称由利为“老师”，并助成为他的助手。作为犯罪心理学者的由利带着三津木活跃于业界，同时也接受警察的委托帮助调查案件。某天，由利收到了一封杀人预告的留言，来自一个名为“花骷髅”的人。俊助惊呼这是挑战书。由利和俊助二人赶到指定的地点，在那发现了滴着血的冷冻库。里面躺着的是，作为遗传基因研究者被熟知的日下瑛造的养女日下瑠璃子。她全身被绑着，流着血，被关在里面。确认瑠璃子还有气息后，由利报警并叫了救护车，然后赶往冷冻库的持有人日下的家。接着，他们与由利的旧友京都府警等等力警部汇合。俊助看到二楼有人影闪过，他们就跑上二楼，在被认为是瑛造的儿子瑛一的房间里，发现了一件沾着达到致死血量的羽绒服外套。而在研究室里，日下尸体被发现了，他的胸前插着一把短刀，死状甚是凄惨。由利注意到了遗体旁边放着的，令人毛骨悚然的被血淋得鲜红的头盖骨。