奥利弗和约翰想方设法寻找惠美子。在抓捕维吉尔时，意外阻止了一次秘密交易。虽然维吉尔和交易人逃之夭夭，但截获了一块天眼会的加密硬盘。正与阿莱娜全力修复“弓箭手”的费利西蒂百忙中抽出时间破译，却一时大意，被硬盘内的保护程序销毁了全部文件。费利西蒂定下心细细检查，发现加密协议并非来自天眼会，而是属于国防情报局的技术。国防情报局的斯图尔特将军是约翰从未提起过的继父。将军对到访的奥利弗和约翰很热情，却明确拒绝提供任何线索。就在奥利弗要弄清楚第九层想获得什么情报时，维吉尔带领手下洗劫了费利西蒂和阿莱娜的工作室，抢走保存在平板电脑内的“弓箭手”核心代码。幸好国防情报局的特种部队出手，二人才平安无事。斯图尔特将军光临地堡。几个月前他就收到消息，天眼会里有第九层的奸细，所以才会派人跟踪，恰巧救下了费利西蒂和阿莱娜。被销毁硬盘里是情报局派出去执行最高机密任务的人员名单，第九层抢夺弓箭手项目很可能是为了找到他们，获取任务情报。将军着手安排撤离行动。所有情报人员都已取得联系安全撤回安全屋，除了一名卧底特工朱利安。当奥利弗、黛娜和雷内冲进朱利安的公寓才知道他正在执行任务，所以不能回复，可现在全搞砸了。另一边，约翰陪斯图尔特赶到安全屋，却正了维吉尔设下的埋伏。这根本是一个精心布下的陷阱，目标正是斯图尔特将军。在一间仓库内，任凭维吉尔百般折磨，斯图尔特将军只报上自己的名字和番号，其他一概不说。可当维吉尔转向约翰时，老将军实在不忍心，只能说出天鹅座X1项目的提取密码。该计划是一个失败的改造细菌基因项目，原计划让细菌能够降解核废料，但意外产生一种在常温下能分解一切东西的超级细菌。目前项目已经中止，资料被封存，超级细菌样本被冷冰在连将军都不知道的地方。奥利弗等人追踪约翰头盔发出的信号，救出约翰和将军。现在第九层有了项目资料，再结合“弓箭手”，就能定位实验人员，进而找到细菌的存储地点。费利西蒂想到可以反追踪“弓箭手”的信号，她也同样意识到，“弓箭手”在保护星城的同时，还可能被坏人利用造成不可想象的破坏。定位到第九层意图袭击的军用仓库后，绿箭小队立刻出发。但暴露在“弓箭手”的监控之下，令他们处处受制，失去了突袭的优势。黛娜四下放置多部信号放大器，费利西蒂和阿莱娜想尽各种办法攻击第九层的防火墙都失败，无法取得“弓箭手”的控制权。约翰、雷内和黛娜匆匆撤退，费利西蒂毅然决然的启动了“弓箭手”自毁程序，绝不能让自己的心血助纣为虐。此时的惠美子已不在意有无“弓箭手”，反正超级细菌已经到手。就在她要离开时，奥利弗从暗处现身，告诉她但丁才是杀害和美的幕后黑手。看着惠美子和但丁一起逃走，没人知道惠美子是否相信。实际上惠美子的确相信奥利弗的话，回到基地就射杀了但丁，但这并不能阻碍她执行计划的最后一步。